• Vi khuẩn học: ngành nghiên cứu vi khuẩn
• Nấm học: ngành nghiên cứu nấm
• Nguyên sinh động vật học: ngành nghiên cứu động vật nguyên sinh
• Tảo học: ngành nghiên cứu tảo
• Ký sinh trùng học: ngành nghiên cứu ký sinh trùng
• Miễn dịch học: ngành nghiên cứu hệ thống miễn dịch
• Virus học: ngành nghiên cứu virus
• Giun tròn học: ngành nghiên cứu giun tròn
• Tế bào học vi sinh: ngành nghiên cứu các chi tiết hiển vi và dưới kính hiển vi của vi sinh vật
• Sinh lý vi sinh vật: ngành nghiên cứu cách thức hoạt động của tế bào vi sinh vật về mặt sinh hóa. Ngành này gồm có nghiên cứu sự phát triển của vi sinh vật, trao đổi chất của vi sinh vật và cấu trúc tế bào vi sinh vật
• Mầm bệnh học vi sinh: ngành nghiên cứu mầm bệnh do vi khuẩn gây ra
• Sinh thái học vi sinh: mối quan hệ giữa vi sinh vật và môi trường của chúng
• Di truyền học vi sinh: ngành nghiên cứu cách tổ chức và điều hòa gen ở vi sinh vật liên quan đến chức năng tế bào của chúng. Ngành có liên quan mật thiết đến lĩnh vực sinh học phân tử
• Vi sinh vật học tế bào: chuyên ngành bắc cầu giữa vi sinh vật học và sinh học tế bào
• Vi sinh vật học tiến hóa: ngành nghiên cứu sự tiến hóa của vi sinh vật. Ngành này có thể được chia thành:
  • Phân loại vi sinh vật: đặt tên và phân loại vi sinh vật
    • Phân loại vi khuẩn: đặt tên và phân loại vi khuẩn
  • Hệ thống vi sinh vật: ngành nghiên cứu tính đa dạng và mối quan hệ di truyền của vi sinh vật
  • Phát sinh loài vi sinh vật: ngành nghiên cứu cách thức mà nhiều nhóm vi sinh vật có quan hệ di truyền với nhau.[4]
  • Phát sinh chủng loại vi khuẩn: ngành nghiên cứu miễn dịch học, dịch tễ học và phát sinh chủng loại học của mầm bệnh vi khuẩn để hiểu rõ hơn vai trò tiến hóa của chúng
  • Phát sinh chủng loại virus: ngành nghiên cứu cách thức hoạt động của các quá trình dịch tễ học, miễn dịch học và tiến hóa, có khả năng tương tác để hình thành cây phát sinh chủng loại virus.
• Vi sinh vật học thế hệ: ngành nghiên cứu những vi sinh vật có đặc điểm giống như cha mẹ của chúng
• Vi sinh vật học hệ thống: ngành học kết nối sinh học hệ thống và vi sinh vật học.
• Vi sinh vật học phân tử: ngành nghiên cứu những nguyên tắc phân tử của các quá trình sinh lý ở vi sinh vật

Khác

• Vi sinh vật học vũ trụ: ngành nghiên cứu vi sinh vật ngoài vũ trụ
• Tác nhân sinh học: ngành nghiên cứu những vi sinh vật đang được sử dụng trong ngành công nghiệp vũ khí.
• Vi sinh vật học nano: ngành nghiên cứu vi sinh vật ở cấp độ nano.
• Vi sinh vật học dự đoán: định lượng mối quan hệ giữa các yếu tố kiểm soát trong thực phẩm và phản ứng của vi sinh vật gây bệnh và làm hỏng bằng cách sử dụng mô hình toán học